B超对受检者无痛苦、无损伤、无放射性，且可重复使用，深受医生和病人的欢迎。
在临床应用方面，B超可以清晰地显示各脏器及周围器官的各种断面像，由于图像富于实体感，接近于解剖的真实结构，所以应用超声可以早期明确诊断。
例如：眼科诊断非金属异物时，在玻璃体混浊的情况下，可显示视网膜及球后病变。对心脏的先天性心脏病、风湿性心脏病、粘液病的非浸入探测有特异性，可代替大部分心导管检查。它亦可用于小血管的通断、血流方向、速度的测定可广泛应用。早期发现肝占位性病变的检出已达到1厘米水平。还可清楚地显示胆囊总胆管、肝管、肝外胆管、胰腺、肾上腺、前列腺等等。B超检查能检出有否占位性病变，尤其对积液与囊肿的物理定性和数量、体积等相当准确。对各种管腔内结石的检出率高出传统的检查法。对产科更解决了过去许多难以检出的疑难问题。如既能对胎盘定位、羊水测量，又能对单胎多胎、胎儿发育情况及有否畸形和葡萄胎等作出早期诊断。
但是，B超也有其目前难以克服的局限性。首先是它的穿透力弱，对骨骼、空气等很难达到深部，所以对含气性器官，如肺，胃肠等难以探测，对成人颅脑的诊断也较X线、CT逊色。
目前的仪器，对1厘米左右的肿瘤组织不易检出，故超声检查阴性；并不排除1厘米左右的肿瘤病灶的存在。其次，由于反射法中发生多次重复反射以及旁辨干扰出现假反射现象，因此有时易造成误诊。
