原发性生殖部位单纯疱疹感染使用(如阿昔洛韦、伐昔洛韦或泛昔洛韦)治疗(参见表一些用于疱疹病毒感染的)。所有三种都有助于改善症状，缩短病程。目前的抗病毒治疗均无法祛除HSV感染，而且对原发性生殖部位感染的治疗并不能阻止神经细胞的潜伏性感染。

复发性感染能够用治疗，例如阿昔洛韦、伐昔洛韦或泛昔洛韦，这些药物可能会稍微缓解不适并帮助症状提早一两天尽快缓解(参见表一些用于疱疹病毒感染的)。早期治疗是很有效的，通常是在症状开始的头几个小时内，即在水泡出现前刚开始有刺痛和不适感时。对于频繁、痛性发作的人，能够无限期每天服用抗病毒药来减少发作次数(这称为抑制治疗方式)。不过，服用并不能预防感染的传播。只能通过处方获得。