治疗大多为经验性治疗，理论基础是推测某些常规培养阴性的病原体导致了该型炎症的发生。因此推荐先口服氟喹诺酮等2~4周，然后根据疗效反馈决定是否继续治疗。只在患者的临床症状确有减轻时，才建议继续应用。推荐的总疗程为4~6周。
部分此型患者可能存在沙眼衣原体、溶脲脲原体或人型支原体等细胞内病原体感染，可以口服大环内酯类等治疗。
能松弛前列腺和膀胱等部位的平滑肌而改善下尿路症状和疼痛，因而成为治疗Ⅱ型/Ⅲ型前列腺炎的基本药物。可根据患者的个体差异选择不同的。推荐使用的主要有：阿夫唑嗪（alfuzosin）、多沙唑嗪（doxazosin）、萘哌地尔（naftopidil）、坦索罗辛（tamsulosin）和特拉唑嗪（terazosin）等。疗程至少应在12周以上。
尿急、尿频和夜尿但无尿路梗阻的前列腺炎患者，可以使用托特罗定治疗。
对合并抑郁、焦虑的慢性前列腺炎患者，根据病情，在治疗前列腺炎的同时，可选择使用。
